A Faculdade de Economia da Universidade do Algarve atribui o grau de doutor nos seguintes ramos e especialidades:
Economia
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Teoria Económica
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Economia Regional e Urbana
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Economia do Turismo
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Economia Internacional
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Economia Pública, Planeamento e Política Económica
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Economia da Informação
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Economia da empresa, dos Mercados e Produtos
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Economia do Ambiente e dos Recursos Naturais
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Economia Monetária e Financeira
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Economia da Saúde
Gestão
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Estratégia e Comportamento Organizacional
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Finanças e Contabilidade
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Gestão de Operações e Logística
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Marketing
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Sistemas de Informação
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Gestão de Recursos Humanos
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Gestão da Saúde
Ciências Económico-Sociais
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História Económica e Social
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Direito Económico
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Sociologia
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Ciência Política
Métodos Quantitativos Aplicados à Economia e à Gestão
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Econometria
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Estatística
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Economia Matemática
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Investigação Operacional
A Faculdade de Economia da Universidade do Algarve tem ainda disponivel um conjunto de programas de doutoramento, a saber:
- Programa de Doutoramento em Turismo (o primeiro ministrado por uma universidade portuguesa)
- Programa de Doutoramento em Gestão da Inovação e do Território.



Doutoramentos

